香港公司将国内公司股份出售，在香港：根据香港《税务条例》，利得税的课税范围为，任何人士，包括法团、合伙业务、受托人或团体，在香港经营行业、专业或业务而从该行业、专业或业务获得于香港产生或得自香港的应评税利润（售卖资本资产所得的利润除外)，均须纳税。香港公司转让其持有的境内公司的股权所得收入，实则来源于中国内地，非来源于香港，也非于香港产生，因此，不适用香港的利得税。同时，香港不征收资本利得税。

香港公司将国内公司股份出售，在内地：根据《企业所得税法》第四条第二款规定，非居民企业取得本法第三条第三款规定的所得，适用税率为20%。同时，该法第二十七条第五款规定，本法第三条第三款规定的所得符合减税和免税的条件。紧接着，《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（下称"《企业所得税法实施条例》"）第九十一条规定，非居民企业取得企业所得税法第二十七条第（五）项规定的所得，减按10%的税率征收企业所得税。因此，香港公司转让其持有的境内公司的股权按10%的税率征收企业所得税。

根据《国家税务总局关于印发<非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法>的通知》（国税发【2009】3号）（下称"3号文"）第三条的规定，对非居民企业取得来源于中国境内的股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得以及其他所得应当缴纳的企业所得税，实行源泉扣缴，以依照有关法律规定或者合同约定对非居民企业直接负有支付相关款项义务的单位或者个人为扣缴义务人。扣缴义务人与非居民企业首次签订与本办法第三条规定的所得有关的业务合同或协议（以下简称合同）的，扣缴义务人应当自合同签订之日起30日内，向其主管税务机关申报办理扣缴税款登记。