结关报关单通常用于货物出口时的海关申报，而报关单退税联则主要用于办理出口退税。具体分析如下：

用途不同：结关报关单是出口货物时向海关申报的单据，它是完成出口手续、海关放行货物的重要文件。而报关单退税联是指在货物出口并结关后，用于向税务部门申请退还已缴纳的增值税或消费税的一种特定格式的报关单。
内容侧重点不同：在填写结关报关单时，需要保证单证与实际货物相符、单货相符，以及准确、齐全地填报各项数据。对于报关单退税联来说，除了满足普通报关单的要求外，其信息必须被税务部门认可，以便于顺利完成退税流程。
除此之外，两者在实际操作中的时间顺序也不同，结关报关单是在货物出口时提交给海关的，而报关单退税联则在货物成功出关后，企业根据海关放行的报关单向税务部门申请退税时使用。